1 能量傳遞法：Heller等設(shè)計用兩個緊接的探針，一個探針的一端用化學(xué)發(fā)光基團（供體）標記，另一個探針的一端用熒光物質(zhì)標記，并且這兩個探針靠得很近。兩個靠得很近的探針用不同的物質(zhì)標記（標記光發(fā)射），當探針與特異的靶雜交后，這些標記物靠得很近。一種標記物發(fā)射的光被另一種標記物吸收，并重新發(fā)出不同波長的光，調(diào)節(jié)　檢測器使自動記錄第二次發(fā)射光的波長。只有在兩個探針分子靠得近時，才能產(chǎn)生受激發(fā)光，因此這種方法具有較好的特異性。
　2 吖啶翁酯標記法：吖啶翁酯標記探針與靶核酸雜交后，未雜交的標記探針分子上的吖啶翁酯可以用專門的方法選擇性除去，所以雜交探針的化學(xué)發(fā)光是與靶核酸的量成比例的。該法的缺點是檢測的敏感度低（約1ng的靶核酸），僅適用于檢測擴增的靶序列，如rRNA或PCR擴增產(chǎn)物。