Southern印跡雜交（Southern blot）是研究DNA圖譜的基本技術(shù)，在遺傳病診斷、DNA圖譜分析及PCR產(chǎn)物分析等方面有重要價(jià)值。Southern印跡雜交的基本方法是將DNA標(biāo)本用限制性內(nèi)切酶消化后，經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳分離各酶解片段，然后經(jīng)堿變性，Tris緩沖液中和和高鹽下通過毛吸作用將DNA從凝膠中轉(zhuǎn)印至硝酸纖維素膜上、烘干固定后即可用于雜交。凝膠中DNA片段的相對(duì)位置在DNA片段轉(zhuǎn)移到濾膜的過程中繼續(xù)保持著，附著在濾膜上的DNA與32P標(biāo)記的探針雜交，利用放射自顯影術(shù)確立探針互補(bǔ)的每一條DNA帶的位置，從而可以確定在眾多消化產(chǎn)物中含某一特定序列的DNA片段的位置和大小。
（1）瓊脂糖凝膠電泳。利用瓊脂糖凝膠電泳可以很容易地將DNA限制酶消解片段（0.3～25kb）分離開，分離大分子DNA片段（800-12000bp）用低濃度瓊脂糖（0.7%），分離小分子片段（500～1000bp）用高濃度瓊脂糖（1.0%），300-5000bp的片段則用1.3%的瓊脂糖凝膠。根據(jù)分離樣品品質(zhì)，分離速度和分辨率要求的不同，可選用不同規(guī)格的電泳槽。電泳時(shí)，同時(shí)將分子量標(biāo)記物加到旁邊孔中，便于確定樣品DNA的分子量。20伏恒壓電泳過夜，電泳完畢，將膠浸到含0.5μg/ml EB的TBE緩沖液中染色30min，也可將EB直接加到電泳緩沖液中或在灌膠前加入膠片中，在254nm短波透射燈下拍照，加橙黃色濾色鏡，使用高速一次成像膠片，光圈f4.5，曝光20-40s。
（2）硝酸纖維素膜吸印。
[1]將膠片切成合適大小，切去右上角作為記號(hào)。
[2]將膠片放進(jìn)盛有變性緩沖液（1.5mol/L NaCl,0.5mol/L NaOH）的盤中輕晃15min。
[3]換到中和緩沖液（1mol/L Tris-HCl,pH8.0,0.15mol/L NaOH）的盤中輕晃30min。
[4]裁一張硝酸纖維素膜、2-4張3mm濾紙和一些吸印紙（可用衛(wèi)生紙），都與膠的大小相同（硝酸纖維素膜和吸印紙不能比膠大，否則易形成旁路）。先將硝酸纖維素膜浸到水中，再放入10×SSC緩沖液,接觸膠和硝酸纖維素膜時(shí)都要戴手套操作。
[5]平盤上放一塊比膠大的平板上面鋪一張3mm濾紙,起燈蕊作用,盤中加入少量10×SSC緩沖液（2.5cm厚），不能沒過平板，使3mm濾紙充分飽和。
[6]將膠倒扣在3mm濾紙上。
[7]浸濕的硝酸纖維素膜在膠上，對(duì)齊。鋪膜時(shí)從一邊逐漸放下，防止產(chǎn)生氣泡，有氣泡時(shí)，可用吸管趕出，不能讓膜與膠下的濾紙直接接觸。
[8]膜上放一張3mm濾紙，不能與膠接觸。
[9]上面加吸印紙及重物（500g左右）。
[10]通過濾紙的燈芯作用，平盤中的緩沖液就會(huì)通過膠上移，從而將DNA吸印到膜上，及時(shí)更換浸濕的吸印紙，在室溫下轉(zhuǎn)印過夜。
[11]清除上面的東西。用鑷子將膜取出，在6×SSC中洗一下。
[12]自然干燥，80℃烤2h。
[13]這是的膜就可進(jìn)行雜交，或室溫密封保存。