在互聯(lián)網(wǎng)上，有很多軟件可以解決分子生物實(shí)驗(yàn)人員從立項(xiàng)到最后寫(xiě)論文的實(shí)際問(wèn)題。本文提供了對(duì)相同作用的很多軟件進(jìn)行比較后推薦給一線實(shí)驗(yàn)人員使用的Windows軟件。
一、資料收集整理階段。本階段需要查找某個(gè)專題的文章，并寫(xiě)出對(duì)該專題的綜述，以便對(duì)自己所要做課題的現(xiàn)狀有一個(gè)基本的了解。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
優(yōu)點(diǎn)：可以在線通過(guò)查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個(gè)Z39.50數(shù)據(jù)庫(kù)中的專業(yè)資料，保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個(gè)屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時(shí)點(diǎn)擊一個(gè)鍵就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要�？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，插入引用，并在文章中對(duì)引用格式化，引用的參考資料格式有很強(qiáng)的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對(duì)引用格式的要求，引用時(shí)不用多窗口切換。也可以作為本地資料管理軟件。
缺點(diǎn)：沒(méi)有非常明顯的缺點(diǎn)。
同類參考軟件：Endnote 3.1.2
二、序列分析、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)階段。本階段包括限制酶分析、引物設(shè)計(jì)、同源序列比較、質(zhì)粒作圖、結(jié)構(gòu)域(motif)查找、RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析、克隆策略圖譜、三維結(jié)構(gòu)顯示等方面的內(nèi)容。
1、 綜合性軟件。這類軟件要求對(duì)本階段上述的大部分功能均具備，但這類軟件大多在專項(xiàng)分析上沒(méi)有絕對(duì)優(yōu)勢(shì)。
推薦軟件：Omiga 2.0
優(yōu)點(diǎn)：你所能想到的對(duì)核酸蛋白的序列分析功能，它大多具備，而且有很舒適的表達(dá)方式。不喜歡裝備各種專業(yè)性強(qiáng)的軟件、而希望用一個(gè)綜合性的軟件代替的實(shí)驗(yàn)人員可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。另外，該軟件還提供了多個(gè)很有特色的序列分析功能，如有類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對(duì)蛋白進(jìn)行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
缺點(diǎn)：文件實(shí)在太大了。要完全下載所有有關(guān)軟件的話，需近30M，而且每個(gè)功能并不十分完美，只能說(shuō)可以解決問(wèn)題。而且要掌握并靈活運(yùn)用并不是簡(jiǎn)單的事。
同類參考軟件：Vector NTI Suite 5.5 DNASIS 2.5
2、 限制酶分析�？赡苁亲詈�(jiǎn)單的功能了，其實(shí)我們用普通的文本搜索也能找出相應(yīng)的序列位點(diǎn)。不過(guò)，正因?yàn)槿绱�，所以我們希望軟件在結(jié)果輸出上有更完美的表現(xiàn)。
推薦軟件：DNAssist 1.0
優(yōu)點(diǎn)：雖然能進(jìn)行限制酶分析的軟件多如牛毛，但可以說(shuō)本軟件幾乎是唯一合格的限制酶分析軟件。原因是大多軟件只對(duì)線性序列進(jìn)行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點(diǎn)。而這個(gè)軟件是唯一能非常簡(jiǎn)單地達(dá)到這個(gè)目的把這個(gè)EcoR I位點(diǎn)找出來(lái)的軟件。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點(diǎn)（按酶排列，按堿基順序排列）、沒(méi)有的位點(diǎn)�？梢哉f(shuō)限制酶分析上該軟件是當(dāng)之無(wú)愧的冠軍。
缺點(diǎn)：顯示結(jié)果是黑白的，不是非常亮麗。而且本軟件在限制酶管理上有一個(gè)錯(cuò)誤（bug）。
同類參考軟件：Primer Premier 4.11 其他多種軟件
3、 引物設(shè)計(jì)。由于引物設(shè)計(jì)大多在原來(lái)的序列上設(shè)計(jì)，因此能否對(duì)假定的引物進(jìn)行各種屬性的分析，參考各種結(jié)果，最后找到合適的引物序列便成為選擇軟件的最關(guān)鍵。
推薦軟件：Primer Premier 4.11
優(yōu)點(diǎn)：顧名思義，該軟件就是用來(lái)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的�？梢院�(jiǎn)單地通過(guò)手動(dòng)拖動(dòng)鼠標(biāo)找到擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物。在手動(dòng)的任何時(shí)候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動(dòng)搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來(lái)，而且進(jìn)行這些操作非常簡(jiǎn)單。
缺點(diǎn)：沒(méi)有明顯缺點(diǎn)
同類參考軟件：DNAClub Oligo 5.0
4、 同源序列比較。與限制酶分析相似，由于這類軟件的內(nèi)核大都是相同的。所以其結(jié)果輸出和易用性也成了更重要的標(biāo)準(zhǔn)。
推薦軟件: GeneDoc 3.2
優(yōu)點(diǎn)：用亮麗的色彩來(lái)區(qū)分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報(bào)告為進(jìn)化樹(shù)的格式。選擇項(xiàng)多，可以達(dá)到所需的要求。
缺點(diǎn)：要完全掌握，并不是很輕松的事。
同類參考軟件：MACAW 2.05 Blast等
5、 質(zhì)粒作圖。與限制酶分析一樣，這也是最常用的功能。很顯然，要求軟件能對(duì)已知序列自動(dòng)作圖，對(duì)未知序列但關(guān)鍵部位位置清楚的質(zhì)粒也能作圖。主要是標(biāo)示各種酶切位點(diǎn)、基因序列、特定結(jié)構(gòu)域序列。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0β3
優(yōu)點(diǎn)：符合上述對(duì)質(zhì)粒作圖的所有要求，而且做出來(lái)的圖可以用到下面要講到的克隆策略圖譜中去。
缺點(diǎn)：使用實(shí)在太不方便了。
參考軟件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33 等
6、 結(jié)構(gòu)域（motif）查找。與限制酶的分析相似，這也是一個(gè)文本查找的內(nèi)容，關(guān)鍵在于以何種方式顯示查詢結(jié)果。
推薦軟件：Primer Premier 4.11
優(yōu)點(diǎn)：該軟件在結(jié)構(gòu)域查找方面和限制酶查找一樣，結(jié)果以圖形、表格、序列三種方式提供，而且提供了不存在的結(jié)構(gòu)域列表。軟件本身提供了大量的結(jié)構(gòu)域序列。
缺點(diǎn)：對(duì)于環(huán)狀的序列也無(wú)法解決末端結(jié)構(gòu)域的查找問(wèn)題（與限制酶分析類似）。
其他參考軟件：沒(méi)有很出色的競(jìng)爭(zhēng)軟件
7、 序列查找下載工具。
推薦軟件：Network Entrez
優(yōu)點(diǎn)：該軟件是一個(gè)客戶端程序，需在聯(lián)網(wǎng)時(shí)使用，可以查詢核酸、蛋白、基因、三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，將原來(lái)分散的不同站點(diǎn)的序列查詢集中在一起。
缺點(diǎn)：對(duì)實(shí)驗(yàn)人員來(lái)說(shuō)，還不是能簡(jiǎn)單上手的。而且如果不上網(wǎng)的話，還真是一點(diǎn)用處也沒(méi)有。軟件作用太專一了。而且所有的功能在相應(yīng)網(wǎng)站上也有。
其他參考軟件：無(wú)
8、 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及分析。這類軟件在windows下用的比較少。而且人們?cè)诙?jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方面也沒(méi)有什么明確的模型。因此，對(duì)這類軟件只能以參考參考的心態(tài)來(lái)使用了，不能報(bào)任何希望。
推薦軟件：RNAdraw 1.1b2
優(yōu)點(diǎn)：軟件真可謂短小精悍，如此小的軟件，竟然能將我們想知道的各種參數(shù)計(jì)算出來(lái)。與其競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手RNAStructure 3.5 相比，功能并沒(méi)有少了什么。
缺點(diǎn)：大多數(shù)功能通過(guò)右鍵彈出菜單進(jìn)行，對(duì)普通人員不太慣。
參考軟件：RNAStructure 3.5
9、 蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析。不要指望軟件能給你帶來(lái)一個(gè)有三維結(jié)構(gòu)的蛋白。所謂的分析只能給你一個(gè)蛋白某些片段有形成什么結(jié)構(gòu)的趨向。結(jié)果還是要靠人本身。
推薦軟件：Antheprot 4.5
優(yōu)缺點(diǎn)：由于沒(méi)有競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手，難以比較，實(shí)在無(wú)所謂優(yōu)缺點(diǎn)了。該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級(jí)結(jié)構(gòu)信息，以便于我們對(duì)未知結(jié)構(gòu)蛋白的結(jié)構(gòu)做個(gè)假想。
參考軟件：沒(méi)有
10、 克隆策略圖譜。幾乎所有人都用手工或用繪圖軟件來(lái)畫(huà)出整個(gè)克隆過(guò)程，各種位點(diǎn)只能大概估計(jì)，與核酸的序列之間的關(guān)系當(dāng)然無(wú)從談起。現(xiàn)在終于有可以解決問(wèn)題的軟件登陸了。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0β3
優(yōu)點(diǎn)：可以將載體與目的基因各自進(jìn)行適當(dāng)?shù)南拗泼盖泻煤�，連接成新的載體-基因�？梢詫⒄麄�(gè)克隆過(guò)程用圖示方式表示出來(lái)�？梢愿鶕�(jù)適當(dāng)?shù)膶?duì)照標(biāo)準(zhǔn)（marker）將電泳圖畫(huà)出來(lái)，而且可以和掃描的實(shí)際電泳結(jié)果對(duì)照。整個(gè)過(guò)程相當(dāng)于模擬一個(gè)克隆過(guò)程。提供了一個(gè)相當(dāng)詳細(xì)的教學(xué)文件。更何況如前所述，它還是一個(gè)優(yōu)秀的質(zhì)粒作圖軟件。
缺點(diǎn)：要使用它，實(shí)在需要重新學(xué)習(xí)。雖然使用較難，看在有詳細(xì)教學(xué)文件和功能急需及強(qiáng)大的份上，也是非常值得的。
參考軟件：沒(méi)有
11、 三維結(jié)構(gòu)顯示。用各種方法計(jì)算出來(lái)的各種三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)只有在相關(guān)軟件幫助的情況下，才能顯示出其本來(lái)面目，使得我們對(duì)這些分子的結(jié)構(gòu)有一個(gè)直觀的體會(huì)。
推薦軟件：RasMol 2.7.1
優(yōu)點(diǎn)：程序短小，功能強(qiáng)大。尚無(wú)在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡(jiǎn)單通過(guò)選擇相應(yīng)的菜單來(lái)顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過(guò)輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。
缺點(diǎn)：在擁有強(qiáng)大功能的命令行窗口使用命令時(shí)，需記住大量的命令，還要對(duì)分子的一級(jí)結(jié)構(gòu)有了解，太難了，簡(jiǎn)直又進(jìn)入了DOS時(shí)代。
參考軟件：ICMlite 1.0 Cn3D
說(shuō)明：三維結(jié)構(gòu)顯示有一個(gè)軟件是瀏覽器插件，就是Chime 2.0 ，它與其他三維結(jié)構(gòu)顯示的作用有些不同，需與瀏覽器一起起作用。
12、 格式轉(zhuǎn)換。各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對(duì)我們使用數(shù)據(jù)帶來(lái)了困難�？梢酝ㄟ^(guò)格式轉(zhuǎn)換軟件互相交換數(shù)據(jù)。
推薦軟件：Seqverter 1.3
優(yōu)點(diǎn)：使用簡(jiǎn)單，填寫(xiě)輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。而且能夠轉(zhuǎn)換的格式非常之多�？稍诰�升級(jí)以讀寫(xiě)更多格式文件。
參考軟件：Visual Sequence Editor 1.1
13、 翻譯。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0 β3
優(yōu)點(diǎn)：可以自動(dòng)查找ORF并翻譯出蛋白序列，而且可以用實(shí)線框?qū)NA序列、蛋白序列、酶切位點(diǎn)等框起來(lái)用于文章寫(xiě)作，可以選擇不同的密碼子。
缺點(diǎn)：操作教難，與競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手Primer Premier 4.11相比，只有查找ORF和可以使用實(shí)線框的優(yōu)點(diǎn)。而后者操作簡(jiǎn)單，而且內(nèi)置很多不同種類的密碼子。
參考軟件：Primer Premier 4.11 其他多種軟件
