大量廣泛地使用獸藥，必然會使細(xì)菌耐藥性增加。尤其在經(jīng)濟(jì)全球化的今天，耐藥菌傳播速度越來越快，范圍越來越廣。獸藥的廣泛使用甚至是濫用，會使敏感菌大量死亡，耐藥菌得以大量繁殖，促進(jìn)和增強(qiáng)了細(xì)菌的耐藥性。耐藥性的產(chǎn)生使抗菌藥的藥效越來越低，使用標(biāo)準(zhǔn)的給藥劑量已經(jīng)不能起到防病治病的作用，必須不斷加大劑量才有可能有效，這就會導(dǎo)致病程延長，藥費(fèi)增加，還可能引發(fā)并發(fā)癥，導(dǎo)致患畜死亡率升高。有的病原菌甚至由于耐藥性的作用增強(qiáng)了致病性，導(dǎo)致疾病大規(guī)模流行，極大地危害動物健康，同時也給畜牧業(yè)生產(chǎn)造成直接的經(jīng)濟(jì)損失。細(xì)菌耐藥性的問題不僅影響動物疾病的防治，而且對人類的健康還有著嚴(yán)重的威脅。

危害公共衛(wèi)生

如果一次性攝入大量的殘留物，會出現(xiàn)急性中毒反應(yīng)（過敏、中毒）。當(dāng)抗菌藥物殘留于肉食品中進(jìn)入人體后，就使部分敏感人群致敏，產(chǎn)生抗體。當(dāng)這些被致敏的個體再接觸這些抗生素或用這些抗生素治療時，這些抗生素就會與抗體結(jié)合，生成抗原抗體復(fù)合物，發(fā)生過敏。

影響臨床用藥和新藥研發(fā)

長期接觸某種藥物，可使機(jī)體體液免疫和細(xì)胞免疫功能下降，以致引發(fā)各種病變，形成疑難病癥，或用藥時產(chǎn)生不明原因的毒副作用，給臨床診治帶來困難。例如，維生素E被稱為“萬能”維生素，對于畜禽的生長、保育均有很重要的作用，使用得越多，引起的殘留量越大，肉制品、臟器及蛋中均有較多殘留。其次，藥物的不合理使用會給臨床治療費(fèi)用帶來壓力。臨床致病菌耐藥性的不斷增加，使抗生素的藥效越來越低。動物養(yǎng)殖過程中，發(fā)生感染性疾病時，若試用幾種抗菌藥物均無效，不但加大了飼養(yǎng)成本，更由于病程延長影響了動物的生產(chǎn)性能，使養(yǎng)殖利潤下降，甚至血本無歸。同時獸藥濫用給新藥開發(fā)也帶來壓力。由于藥物濫用，細(xì)菌產(chǎn)生耐藥性的速度不斷加快，耐藥能力也不斷加強(qiáng)。這使得抗菌藥物的使用壽命也逐漸變短，為此需要不斷開發(fā)新的品種以克服細(xì)菌耐藥性。然而，研制新藥周期長，技術(shù)要求高，資金消耗大，而成功率卻很低。新抗菌藥開發(fā)的速度減慢，而細(xì)菌的耐藥性不斷加快，這必將會給人類帶來巨大的危害。污染環(huán)境

動物用藥以后，藥物以原形或代謝物的形式隨糞尿等排泄物排出，殘留于環(huán)境中。絕大多數(shù)獸藥排入環(huán)境以后，仍然具有活性，會對土壤微生物、水生生物及昆蟲等造成影響，尤其是驅(qū)蟲藥和抗菌藥對環(huán)境的危害較大。這些藥物通過不同的方式進(jìn)入土壤和水里，不僅促進(jìn)細(xì)菌耐藥性的產(chǎn)生，而且殘留在其中的藥物還會通過食物鏈對人和動物的健康造成危害。