亞系（Substrain）是由同一個近交系分離出來的具有各不相同特性的品系。亞系可由下列途徑形成：(1)在同一研究室里，從近交品系中分離出來，從兄妹交配繁殖達8～19代之后分開飼養(yǎng)，分開后不與其它品系混交，再繼續(xù)兄妹或親子近交12代以上者。如此可獲得具有一定特殊性狀的品系。(2)一個近交品系從一個研究機構(gòu)或研究者轉(zhuǎn)送到另一個機構(gòu)或研究者哪里，經(jīng)相當代數(shù)飼養(yǎng)，并與其它品系混交者。(3)當發(fā)現(xiàn)有某些基因變異時，可培育成具有某些特殊性狀的亞系動物。