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采集糞大腸菌群的采樣瓶需要用牛皮紙封包好后，再經過高壓滅菌器滅菌才能使用。滅菌后的采樣瓶里如果含有少量冷凝水，可以放在烘箱里烘干。有條件的單位，也可以使用無菌采樣瓶。滅菌后的采樣瓶也有其保存期，超過兩周內未使用就必須重新滅菌。絕大部分實驗室都是在首次滅菌后不再管其使用期 限。采樣瓶存放過久可能受到雜菌污染。
2.2 樣品采集
采樣人員大多缺乏細菌學監(jiān)測知識，出現很多采樣不規(guī)范的現象。如：微生物項目水樣和理化水樣混采；滅菌瓶開蓋時間過早、水樣在空氣中暴露 時 間 過 長；水樣采集量過滿（既容易導致水樣中細菌缺氧死亡，又不利于水樣檢測前振蕩搖勻）；微生物樣品和其他理化項目同時采樣時，沒有做到細菌樣品優(yōu)先采集；采樣人員在采集樣品時，沒注意避免采樣瓶受雜菌污染（手接觸到瓶蓋和瓶頸、采樣設備不規(guī)范）。
在樣品的運輸和保存過程中，樣品的冷藏是關鍵（溫度過高過低都不利于樣品的保存）。由于儀器設備條件不夠，運輸過程不滿足樣品所需溫度或者路途遙遠，送檢時間超過６ｈ，都會導致樣品失效。樣品交接時間過長（在樣品送入實驗室之后，采樣人員要將采樣記錄移交給業(yè)務室，然后由接樣員對水樣進行編號并將檢測任務下發(fā)到監(jiān)測室），導致樣品沒有及時分析而超過時限。特別是，在執(zhí)法監(jiān)測和污染源監(jiān)督性監(jiān)測中，需要的采樣時間長，有時還需 要 分 時 間 段 監(jiān) 測，這過程很容易造成樣品超時。并且，樣品保存時間越長越不能保證樣品在合格的冷藏溫度下。這幾年，經常出現企業(yè)和監(jiān)測機構因該項目實驗的特殊性發(fā)生糾紛。建議在采集細菌樣時，車上安裝車載冰箱、冷藏箱或者其他冷藏設備，可以實時監(jiān)測溫度。加入冰塊保存時，樣品不可以直接接觸冰塊。不能保證樣品在有效期內送達實驗室分析時，可以考慮使用剛剛出臺的酶底物法（HJ1001-2018）進行現場檢驗。
3.1 試劑質量
3.1.1 無菌水
目前很多實驗室采用先配置所需量的稀釋水到試管中再統(tǒng)一滅菌。在實驗分析時發(fā)現由于稀釋水在高壓滅菌和冰箱存放這一系列過程中揮發(fā)，導致稀釋水在做樣時達不到所需的量。建議先用大容量玻璃瓶統(tǒng)一準備足量的無菌水和100ｍL的量筒，使用時在無菌環(huán)境下按所需量進行分裝。無菌水的配制盡量在當天或實驗前一天配置，最好實驗當天進行配制。無菌水需要調pH值、可在常溫保存。
培養(yǎng)基的質量是整個實驗檢測結果的保障，是實驗室質量控制的重要環(huán)節(jié)。分 析人員可能認為只要培養(yǎng)基在保質期內，都是合格的，而忽略了對培養(yǎng)基進行質量控制。
培養(yǎng)基需在濕度低、溫度不超過３０ ℃的房間避光保存，避免雜菌侵入。配置前，應該觀察培養(yǎng)基顏色和體積，變化明顯時廢棄不用。配好的培養(yǎng)基需要在２ｈ內進行高壓滅菌；對于不能及時滅菌的培養(yǎng)基，可以在冰箱內存放且不超過一天，因為滅菌不及時，就會影響其殺菌效果和營養(yǎng)成份的含量。培養(yǎng)基滅 菌結束后應迅速冷卻，避免長時間保存在滅菌鍋內，容易造成滅菌過度從而影響培養(yǎng)基的營養(yǎng)成分。配置的培養(yǎng)基不宜存放過久，堅持多配少量的原則，盡 量在一周內用完為好。每批培養(yǎng)基在使用前，都應對培養(yǎng)基進行質量鑒定，只有經過驗證合格的培養(yǎng)基，才能投入使用。
3.2.1 稀釋倍數
有時候，企業(yè)污水、醫(yī)療廢水等糞大腸菌群污染嚴重的水樣需要稀釋到10-4～10-5ｇ／mL之后接種，但分析人員不能準確判斷其大致稀釋倍數，容易出現超出或者低于定量范圍。現行的環(huán)境監(jiān)測分析方法與有關技術規(guī)范中糞大腸菌群檢數表里所列的幾個不定值（“＜”或“＞”）給監(jiān)測工作帶來一定的困難。能否選擇出正確的稀釋度是實驗成敗的關鍵。
接種的稀釋比，為了避免在實 測 數 據 中 出 現 不 定值，實驗分析人員應充分了解自己所做區(qū)域各種水樣的稀釋比，根據待檢水樣的環(huán)境因素和水樣性質確定合適的稀釋比。采樣人員盡量將樣品性質、受污染程度在采樣記錄上描述清楚，以供分析人員選擇合適的分析方法。對于不確定稀釋范圍的水樣，可以進行多種梯度稀釋。
在使用多管發(fā)酵法測試時，如果在初發(fā)酵試驗中未發(fā)現產氣，可以適當地延長培養(yǎng)時間到48ｈ。
在使用酶底物法測試時，在培養(yǎng)24ｈ后結果為可疑陽性或者無顏色反應，可 適 當 延 長 培 養(yǎng) 時 間 到28ｈ進行結果判讀，超過28ｈ之后出現的 顏 色 反 應 不 作 為陽性結果。如果樣品有背景顏色，需做一個空白試驗，與標準盤作比較。如果加入培養(yǎng)基，樣品顏色過深，可能是余氯過多或者pH值過低的原因，這種方法就不適用了。
糞大腸菌群項目的監(jiān)測起步比較早，但是之前一直作為非標項目，糞大腸菌群的質控標準菌株也是在近兩年才興起。大部分實驗室分析人員之前沒有接觸過 質控，也沒有接受過這方面知識的培訓，在近兩年密碼樣考核和實驗室間比對中，該項目的效果不是很好。
目前國內使用的有證標準菌株幾乎都是從國外購買的，價格貴、購買渠道復雜且不易保存。國內實驗室很少有達到對每批樣品 使 用 有 證 標 準 菌 株 進 行 陽 性、陰性對照試驗。微生物的質控、盲樣制作難度較大，影響了國內實驗室關于微生物方面質量控制的開展。盡管如此，各個實驗室也應該盡量做到，定期使用有證標準樣品進行質量控制，使用有證標準菌株進行陰陽性對照試驗。酶底物法要求，每年至少必須進行６次定量試驗、４次定性試驗。
4.2 空白和平行性
以前使用的多管發(fā)酵法、濾膜法等對空白和平行性沒有明確的要求。大部分實 驗室也僅限于對每批樣進行空白測定。
無論用哪種方法檢測，建議每個月要對實驗室用水做質量檢測，每批樣品要用無菌水做全程序空白和實驗室空白測定，確保檢測結果的準確性和可靠性。使用酶底物法分析時，對20個樣品或每批次樣品測定一個平行雙樣。
