CFU的計量方式與直接計數(shù)菌體數(shù)量不同，它專門計算能夠在培養(yǎng)基上生長形成菌落的活細(xì)菌。理論上，一個活細(xì)菌在適宜條件下可以形成一個菌落，但實際上，由于細(xì)菌可能吸附在微小顆粒上或粘連在一起，多個細(xì)菌可能共同形成一個菌落。因此，CFU并不等同于細(xì)菌的實際數(shù)量，而是一種基于能夠形成可見菌落的活細(xì)菌的估算值。

CFU計數(shù)不能精確反映細(xì)菌的真實數(shù)量的主要原因：

1、菌落合并：在實際操作中，待測樣品往往難以完全分散成單個細(xì)胞，因此長成的一個單菌落可能來源于樣品中的兩個或更多個細(xì)胞的聚集生長。

2、培養(yǎng)條件限制：并非所有細(xì)菌都能在標(biāo)準(zhǔn)的培養(yǎng)條件下生長，有些細(xì)菌可能因為特殊的營養(yǎng)需求或生理特性而無法被培養(yǎng)出來，這會導(dǎo)致實際存在的細(xì)菌數(shù)量被低估。 

3、菌落形成單位的定義：CFU計數(shù)是基于活菌計數(shù)的，即每個菌落代表一個能夠形成可見菌落的活細(xì)菌細(xì)胞或細(xì)胞群體。這個計數(shù)方法假設(shè)每個菌落起源于單一的細(xì)胞，但實際上可能并非如此。 

4、操作誤差：在樣品的稀釋、接種和計數(shù)過程中，人為操作可能引入誤差，這些誤差會影響最終的計數(shù)結(jié)果的準(zhǔn)確性。

5、菌落計數(shù)的主觀性：菌落計數(shù)依賴于人工觀察和計數(shù)，不同的觀察者可能會有不同的計數(shù)標(biāo)準(zhǔn)，從而導(dǎo)致結(jié)果的變異。